据金坛县志记载:梁武帝大同年间 (535~546),由僧妙高禅师创建,明太祖朱元璋东征常驻跸於此,明英宗正统十二年(1447)赐名圆通庵,清乾隆年间重修,咸丰十年(1860)被毁,光绪年间又重建。
千百年间,几经变迁,直到20世纪80年代,政府保留宗教场所,1986年定为金坛县文物保护单位。2003年3月经金坛市人民政府批准,开放为佛教活动场所。现寺占地4.1亩,建筑面积1300平方米,庵内建筑有山门、大雄宝殿、韦驮殿、圆通殿、地藏殿、西归堂、斋堂、僧房等30余间。
庵内保存文物古迹有明太祖朱元璋所留御碑一块,现存于御碑亭内;石雕长寿龟一对,匍匐在山门前;石刻金刚经一部数块,隽永而刚劲文笔,体现古刹风貌。另外还有堪称当地树中之王的古银杏树一棵,树径可供4~5个人合围,据传是朱元璋军师刘伯温所植。
寺务由常文法师主持,常住尼师2人。